Thèse en Epidémiologie Génétique

Titre du projet : Méthylation, Asthme et Allergie – L’étude EGEA

L’asthme est une maladie chronique fréquente dont l’étiologie et l’histoire naturelle restent mal comprises. Il s’agit d’une maladie hétérogène, et on distingue l’asthme allergique de type TH2 de l’asthme non-allergique de type non-TH2. Au-delà des facteurs génétiques et environnementaux, des mécanismes épigénétiques, notamment impliqués dans la différenciation et la régulation des cellules T, jouent vraisemblablement un rôle dans l’asthme.

L’objectif du programme de thèse est d’identifier les sites de méthylation associés à l’asthme allergique et non-allergique. Trois approches complémentaires seront suivies :

  •  Approche agnostique, EWAS (Epigenome-Wide Association Study), qui présente l’avantage de pouvoir générer de nouvelles hypothèses. Des tests de réplication seront réalisés dans des échantillons indépendants grâce au réseau de collaboration international.
  •  Approche région candidate, en ciblant les sites de méthylation dans les régions génomiques identifiées dans l’asthme et en intégrant les effets des variants génétiques.
  • Approche candidate sur les sites de méthylation associés au tabac, qui repose sur l’hypothèse du rôle de la méthylation pour expliquer les effets de l’environnement (des analyses de médiation sont envisagées).

Le projet porte sur l’étude Epidémiologique EGEA, une cohorte unique de 2120 sujets suivis depuis 20 ans et particulièrement bien caractérisés sur le plan phénotypique, biologique et environnemental. La méthylation de l’ADN à l’échelle du génome, mesurée dans le sang, est disponible pour 800 individus (600 asthmatiques et 200 non asthmatiques), y compris pour 340 sujets à 2 reprises à 12 ans d’intervalle. Une force du projet repose sur l’utilisation d’une approche novatrice de séquençage, permettant de disposer des sites CpG présents sur la puce Illumina et aussi d’autres régions qui jouent un rôle important dans les mécanismes de régulation (riches en enhancers).

Les travaux de thèse participeront à améliorer notre compréhension de l’asthme, et, via la plasticité des signatures épigénétiques, à envisager de nouvelles options pour prévenir et traiter l’asthme.

Langue au travail: français ou anglais

Candidature: Pour candidater, adresser son CV, le nom d’au moins deux référents et une lettre de motivation à valerie.siroux@univ‐grenoble‐alpes.fr et emmanuelle.bouzigon@inserm.fr